В конце первой части игры синдикату EuroCorp удалось уничтожить всех своих соперников, и фактически заполучить мировое господство. Но ничто не вечно, и теперь на пути у, казалось бы, непобедимого синдиката, встает новая религиозная секта, называющая себя Church of the New Epoch High Disciple. Битва между мегакорпорацией, отвыкшей от всякой конкуренции, и жестко организованной, но относительно малочисленной сектой захлестывает весь мир.

Стратегических элементов по сравнению с первой частью осталось крайне мало. К примеру, использование наркотиков, так элегантно реализованое в первой части, в Syndicate Wars было упрощено до предела, оставив всего лишь одну полоску, отвечающую за использование успокаивающих, или наоборот, возбуждающих, веществ. О боеприпасах беспокоится больше не приходится, они бесконечны для всех видов вооружения.

Игра использует трехмерный графический движок, хотя все люди по прежнему остаются спрайтовыми. Осложнение вносит камера, которую приходится крайне активно вращать, чтобы не пропустить потенциальных противников.